Історія навчального закладу – Загальноосвітньої школи №16,
в подальшому Ліцей № 16 імені Володимира Козубняка.
30 серпня 1959 року відкрилася загальноосвітня школа №16. Це була перша школа, яку збудували після Другої світової війни. Очолила її директор Киселевська М.Г.
У 1965 році був створений клуб “Планета дружби”. Керівник - Гоголь Л.Ф., вчитель англійської мови. За роки існування клубу у школі було 104 іноземних делегацій з Європи, Азії, Америки, Африки та Австралії.
У 1970 році після перевірки виховної роботи школи комісією Міністерства освіти були вписані в Книгу Пам’яті кращі вчителі – керівники музеїв та екскурсоводи – учні школи.
У 1987 році був добудований другий корпус ЗОШ №16 і очолювала в цей час школу Стріганова А.І.
З 1989 по 1992 рік директором школи був Козубняк В.Р.
Під час керівництва Володимира Романовича школа змінила свій облік і стала школою національного виховання майбутніх громадян України.
Козубняк Володимир Романович багато років викладав історію, вчив учнів мислити науково, давав фундаментальні знання, був прикладом гуманного відношення до учнів і здобув велику любов і повагу з боку дітей, батьків і педагогічного колективу.
В 1992 році директором школи стала Змієвська Л.І.
У 1997 році ЗОШ №16 була реорганізована в Хмельницький колегіум – заклад для обдарованих дітей.
У травні 2008 року Хмельницькому колегіуму присвоєно звання імені Володимира Козубняка.
У 2023 році Хмельницький колегіум імені Володимира Козубняка було перейменовано у Ліцей № 16 імені Володимира Козубняка.
В даний час у школі навчається 1600 учнів, працює 100 педагогів.